虽然最后也没有挽回明朝注定失败的命运，但却给天主教争取了在中国的好名誉。 1644年，清军进入了北京城，对懂天文历法学识和技能的汤若望进行保护，命他继续修正历法，搞好自己老本行。汤若望最终通过自己的实力，向多尔衮证明了他的天文学知识，经过几次日食的预测成功，他终于说服了多尔衮，将他参与编制的新历颁布天下。
顺治七年，汤若望在北京建国门附近的古观象台进行工作，并担任台长一职。后来顺治帝亲政后，对老汤颇为重视，汤若望经常出入宫廷，给朝廷的得失提出自己的建议，先后上奏三百多封，就连顺治帝立太子也插了两句嘴，因为当时朝中只有他知道天花流行会造成非常严重的后果，所以他让顺治帝选一个得过天花的皇子，那便是后来的康熙大帝。
康熙朝初期，汤若望传播天主教的劲头十足，但是一直以来，一些汉族士大夫致力于反对顺治信任汤若望等传教士，对汤若望竟然悄声在中国发展了十几万天主教徒极其震惊和各种不满。当时历法之争非常严重，士大夫杨光先便开始为难西方天主教。杨光先一直都对天主教有所耳闻，之后了解到天主教就是耶稣教时，就对汤若望更加不满。
杨光先还多次到礼部，通政使司等衙门状告汤若望。之后还不断提出：耶稣是彼国谋叛的罪魁，因事败露而被正法，一个罪犯而已，绝非什么造天圣人，汤若望等人“非我族类，其心必殊”等等惊悚言论。顺治帝在位时，汤若望未受到任何影响，而顺治帝一死，汤若望就失去了保护伞，他的命运也从此发生了巨大变化。汤若望后来撰写了一本《天学传概》一书，这本书是汤若望用来阐明天主教并非邪教，而是正教。
但是书中所写的内容对当时的人来说很难理解，反而成为杨光先击败汤若望的一把利剑。杨光先再次控告了汤若望，向礼部呈递了汤若望的三大罪状：一是潜谋造反，二是邪说惑众，三是历法荒谬。朝廷通过对此案的审理后，做出来对汤若望判以凌迟处死的决定，还抓捕了和汤若望一样的传教士。当时的北京，连发了五天的地震，“太皇太后(顺治母后)主张释免”，汤若望才有幸免于一死。
为什么清朝皇宫供养了很多西方传教士，他们都是做什么的？
很多人觉得清朝在近代的一败涂地，是因为自我封闭对外面的世界一无所知，可实际上却恰恰相反，清朝与西方之间的联系从来没真正断绝过，皇帝们一直都知道西方发生了什么。从顺治帝开始，清朝的宫廷之中就有不少来自于西方的传教士。康雍乾三朝，宫中的传教士数量在八十人以上，这些来自西洋的人虽然长得不一样，却在清朝担任着各种职务，为清朝效力，同时也给清朝带来了诸多来自西方的消息。
实际上，西方的传教士来华的历史能够追溯到唐朝时期，但真正形成规模产生了比较重要的影响，还是在元明清时期，明朝不少的士大夫，都与传教士私交甚厚。明代最出名的传教士，莫过于利玛窦，他与当时的徐光启等诸多士大夫都有密切关系。而朝廷优待传教士的传统，从明朝也一直延续到了清朝，并且更甚。清朝宫廷里的传教士数量非常多，甚至小有规模，不过他们的真正工作倒并不是传教，而主要集中在技术与艺术等方面，这倒是非常有意思的一方面。
清代的传教士，主要的作用莫过于三方面：一，改进火器在《鹿鼎记》当中，康熙帝为了对付沙俄的大炮，顶住鳌拜的压力，启用了来自于德意志的西方传教士汤若望，结果确实不负众望，清朝火器威力大增。虽然火药是中国发明，也是中国最早用于军事，但后来却走向了衰落。大约明朝的同一时期，西方的火炮铸造技术急速发展，甚至超过了当时的明朝。
天启年间，明朝就从澳门引入了四位有火炮铸造技术的西方传教士，改进明朝的火炮，而后来在清代大放异彩的汤若望，最初也是给明朝改进火器的传教士。明朝极其重视火器的发展与利用，而这些先进装备的发展，的确离不开当时大量西洋传教士的参与，在对后金的战争中，火炮大放异彩。因为吃过火炮的大亏，清朝对于西洋火器既非常忌惮，也十分重视。
从皇太极时期到康熙帝时期，大量来自西洋的传教士都是帮助清朝铸造火器大炮的。无论是南怀仁还是汤若望，这些在清代极负盛名的西方传教士，他们最出众的贡献，就是为清朝改进火炮技术，只可惜在此之后的传教士，在这方面的贡献被清朝人为阻止。二，艺术绘画咱们国家的传统绘画有个特点，叫做写意不写实，大多数时候，传统的中国画如果画人物的话倒是并没有那么像，主要能体现的还是一种气质而已。
